آزمایشگاه اداره کل حفاظت محیط زیست استان از 6 واحد آزمایشگاهی در 6 شهرستان (شهرستان زاهدان، شهرستان چابهار ،شهرستان ایرانشهر ، شهرستان خاش ،شهرستان زابل و تخت عدالت ) تشکیل گردیده است. که وظایف سازمانی ذیل را انجام می دهد:

1. ایجاد هماهنگی بین آزمایشگاه اداره کل و کلیه آزمایشگاههای تابعه در جهت افزایش توان علمی و فنی کادر آزمایشگاهی از طریق مبادله و انتقال اطلاعات و تجربیات فنی موجود و تهیه و یکسان سازی دستورالعملهای لازم در جهت استاندارد نمودن روشهای نمونه برداری و آزمایشات مربوطه و خرید دستگاهها و تجهیزات.
2. پایش ادواری صنایع سطح استان و تهیه فهرست صنایع آلاینده درطی 4 دوره از سال و ارسال نتایج مربوطه به دفتر پایش فراگیر سازمان حفاظت محیط زیست .
3. پایش ادواری سیستمهای تصفیه فاضلاب بیمارستانهای سطح استان و ارسال نتایج پایش به دفتر بازرسی سازمان متبوعه در طی 4 دوره از سال
4. بررسی و نظارت بر عملکرد آزمایشگاههای معتمد و صدور مجوز جهت متقاضیان جدید.
5. انجام آزمایشات فیزیکی, شیمیایی و بیولوژیک بر روی نمونه های پسابهای صنعتی, شهری, کشاورزی, همچنین آنالیز مواد جامد بمنظور شناخت کمی و کیفی عوامل آلوده کننده در جهت کنترل آلودگیهای زیست محیطی.
6. نمونه برداری و آزمایش آب رودخانه ها و دریاچه ها و تالاب ها و تجزیه و تحلیل وثبت مستمر نتایج حاصله با هدف پایش زیست محیطی.
7. بسترسازی؛ نظارت و پیگیری بر اجرای خوداظهاری در پایش آلودگی های زیست محیطی در منابع آلاینده.
8. پیگیری پایش لحظه ای خروجی صنایع (فاضلاب و هوا) و اخذ داده ها و ارائه اطلاعات به حوزه معاونت فنی.
9. نظارت بر نحوه انجام پایش های ادواری زیست محیطی (خوداظهاری) انجام شده توسط ادارات تابعه.
10. بررسی نتایج حاصل از تحلیل پارامترها و خواص فیزیکی آب مانند دما, شوری, چگالی, کدورت آب و نحوه توزیع سطحی و عمقی این پارامترها در دریا.